Код:
какие коды? зачем коды? их-то можно перегенерить заново при импорте, а в экспорте просто сохранить связи. Например - экспортируя в XML.
Большинство записей в базе идентифицируются уникальным числом (id, он же код). И все отношения указываются между кодами. Например у вас в первой базе договор с кодом 1 - ИП Пупков, а в другой вовсе Василий Анатольевич.
А к этому договору в каждой базе привязаны например, свои тарифы (опять же, их коды пересекаются).
Перегенерить их можно, но, как я уже говорил, задача не очень простая, в двух словах не опишешь. Берите описание базы (доступно для 4.3 на сайте) и пишите перенос.
XML позволяет делать лишь ограниченное число связей, доступных в реляционных БД. Собственно он позволяет указать лишь Many-To-One путем помещения одного узла в другой, и то если данный вид отношения существует только к одному типа сущностей.
P.S. Для обновления между версиями процедура описана. С данной задачей она почти не связана. Резервную копию можно сделать с помощью mysqldump, а затем обновлять. Если что не пойдет - просто откатить.
P.P.S. Само собой, что просто накатывая дамп базы не слить. Проблема опять же в совпадающих кодах.