две таблицы на одной странице? или шаблоны разные? или как?

Что? Как? Зачем?
В итоге то что должно получиться? Одна печатная форма с двумя страницами? Тогда разные позиции - это в шаблоне придётся фильтровать (но id позиций), иначе как вы себе это представляете?

Почему именно include вам надо? Ну можно и сделать. Подшаблон в виде таблицы, который вы делаете ипортом как обычно. Только это вряд ли кол-во кода уменьшит, потому что:
1. вам придётся вручную их как-то фильтровать по этим таблицам.
2. ндс и без-ндс получаются делением/умножением как правило в самом шаблоне.
У вас внутри биллинга как разделяются услуги эти?

По услугам МГМН должен быть отдельный счет, а еще отдельный договор вообще-то.