Отвечу пока сам
Создал еще один экземпляр модуля бухгалтерии...
Опишу задачу целиком:
В биллинге создаются три вида документов: счета, счет фактуры и акты.
Далее происходит нумерация документов из 1с.
Решение:
1. В биллинге создаются документы с произвольным номером. Например "БезНомера0001-2008".
2. Подключаемся из 1с, выбираем документы и создаем их в 1с с новым номером(номера назначает 1с).
3. Переносим номер в BGBBilling.
В моем случае счет-фактура и акт это разные документы с разной нумерацией. В случае если номер счет фактуры будет совпадать с номером акта, то будет конфликт номеров.
Проблема в том что в биллиге нельзя стандартными средствами поставить произвольный номер.
Единственное решение это проблемы я вижу в том чтобы лесть напрямую в базу биллинга и править номер в полях format_number и xml, что собственно не есть хорошо...
Может быть есть и другие варианты?