BiTel

"беспорядочно" выписываются счета и счета фактуры.
В чем может быть проблема?

внимательнее смотри на экран, сортировка стоит по договору

P.S. кстати то что нет сортировки по номеру документа не совсем гуд, хотя на самом деле в продакшен эксплуатации имхо пофик

Работникам не нравится, что счета и счет-фактуры выписываются не по порядку и номера счетов не совпадают.

Во первых не понятно кто с кем должен совпадать.
Во вторых "нравится" или "не нравится" как то слабо увязывается с программированием, бухгалтерией и платным программным продуктом )

На сколько я знаю такого рода "доработки", как то сделать опцию в модуле бухгалтерии через которую можно будет задавать сортировку выборки по которой будут выставляться счета, не составляют проблем, вопрос лишь в том готовы ли вы оплачивать такие доработки для достижения морального удовлетворения сотрудников.

Все сказаное лишь мое имхо, никакого отношения к бителу я не имею.

1. каким образом модуль бухгалтерии относится к ядру? (читай - постить надо в соотв. разделе!)
2. какая разница совпадают ли номера документов и номера договоров или нет? договора - это одно, документы - совсем другое!