баланс нужно переводить на текущий период.

Да.
Чем обусловлена такая логика работы модуля?
Данная таблица занимает небольшой объем, возможно ли дополнить логику модуля? Хотя бы, чтобы такие договора попадали в пересчет модулем ( с пустыми договорами) или сразу в планировщик тоже?

Не, биллинговский отчет нам тут не нужен; данные выгребаются наружу с формированием печатных платежек по физикам.
Неактивность можно сверить по 0.00 во всех полях (остатки и summaX)? Или не покатит, сюда попадут бесплатные входящие и исходящие и т.п.?
А может данную логику можно встроить в групповые операции? Типа там "установка баланса неактивных абонентов"? Или в планировщике сделать задачу "Начисление NPAY (+неактивные)"? Или в модуле в набор услуг добавить что-то (чтобы работало как при выборе определенного договора и пересчитывало)?

Я так и не понял в чем проблема. Зачем вам эти записи нужны, если все можно доставать sql-запросами, ссылку на которые давали выше. Т.е те, кто выгребают данные наружу - пусть просто чуть сложнее это делают (через темповую таблицу или подзапросом).