Только методом тыка и анализа
Например
Код:
# The following options will be passed to all MySQL clients
[client]
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
max_allowed_packet = 50M
max_connections=1000
# Try number of CPU's*2 for thread_concurrency
# thread_concurrency = 4
default-storage-engine = innodb
query_cache_size = 32M
thread_cache_size = 16
query_cache_limit = 2M
sql-mode=
character-set-server=cp1251
collation-server=cp1251_general_ci
#InnoDB
innodb_file_per_table
innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_data_file_path = ibdata1:2000M;ibdata2:10M:autoextend
innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_buffer_pool_size = 22G
innodb_additional_mem_pool_size = 20M
innodb_log_file_size = 256M
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
innodb_flush_method = O_DIRECT
innodb_lock_wait_timeout = 60
Можете почитать
http://habrahabr.ru/company/bitrix/blog/147098/http://habrahabr.ru/company/bitrix/blog/148874/Когда уже все будет работать можно запускать
mysqltuner.pl и смотреть что он порекомендует.
Конечно не следует слепо прислушиваться, но дальше уже бывает понятно куда рыть.