а в server.sh вы ее случайно не прописали ?

И задайте явно

1. что за странности вы имели в виду этим: JAVA_HOME=$JAVA_HOME:/opt/jre1.6.0_41/bin/java , зачем вы к существующей переменной чото добавляете, это не PATH никакой итл
2. явахом должна указывать на корень JRE/JDK , на папку а не на бинарник
3. надо JDK а не JRE
4. у вас bash_profile вообще читается при вашем методе старта сервера? вы его руками пускаете после логина в bash?

setenv.sh ?

у него 5.1 . Там вроде его не было .

нету. Откуда скрипт запуска берет путь до явы?

Вы можете в server.sh его задать пока явно


Чтобы работало.
А потом уже разбираться на досуге откуда и что у вас там берется. Для наших приложение эта переменная нужна только чтобы найти относительно нее бинарник java.

вот он досуг. я уже несколько раз(пытался ставить) ставил бгб на разные оси. теперь выбрал сентос. и хочу сделать сразу все

Ну, тогда разбирайтесь. поиском зарядите по всем скриптам, например . Учите что вообще не факт что в момент запуска службы после перезагрузки компьютера ваши профайл файлы считываются, экспериментируйте, выясняйте .

Я еще много не знаю в линукс и меня вот такие вопросы интересуют.Поэтому я хочу получить ответы на мои (как мне кажется) конкретные вопросы, нежели идти к гуглу и ,прочитав тонну текста, отсеяв воду, найти ответы самому(это долго). Или этот форум не для подобных вопросов?

Тематика форума - это вопросы касающиеся настройки компонентов BGBilling. Универсальные вопросы про линукс наверное лучше задавать в соответствующих тематических форумах. linux.org.ru например и т.п.