По логам видно следующее:
Код:
2018-09-04T00:48:32.603613Z 46 Query ALTER TABLE `inet_device_tree_1`
ADD COLUMN `svlan` INT(11) NOT NULL DEFAULT -1
...
2018-09-04T00:48:32.617537Z 46 Query CREATE TABLE IF NOT EXISTS `inet_device_tree_1` ( `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, `invDeviceId` varchar(45) NOT NULL, `parentId` int(11) NOT NULL, `title` varchar(200) NOT NULL, `deviceTypeId` int(11) NOT NULL DEFAULT '-1', `identifier` varchar(150), `host` varchar(100), `config` text NOT NULL, PRIMARY KEY (`id`))
Т. е. сначала вы пытаетесь изменить таблицу, и только потом создаёте эту таблицу в БД.