Объясните более подробно, что это за параметр

Если ставить так:

netflow.thread.count=10

То в collector.log появляется частенько такая запись

Warn Wating for free Thread

Если же ставить так:

netflow.thread.count=100

то в логе таких записей не наблюдается.

Есть пул потоков. Когда приходит запросы, выбирается свободный поток из пула и ему отдается NetFlow пакет. Повышение количества потоков в пуле больше количества процессоров теоретически особого смысле не имеет. Указанная фраза говорит, что коллектор получил новую UDP дайтаграмму, но сразу свободного потока не было и он подождав 0.1 секунды снова обратился к пулу. Вообще к потере потоков это привести не должно, т.к. еще есть буфер входящих дайтаграмм, в котором они копятся.
Но чтобы не мозолили глаза сообщения потоков можно прибавить, в этом случае роль дополнительного буфера сыграет пул потоков.